Josué teve uma carreira notavelmente triunfante e distinguiu-se por sua lealdade a poucos clubes. Inicialmente revelado pelo Goiás, ele deu seus primeiros passos no mundo do futebol no Esmeraldino, onde estabeleceu um legado notável no Serra Dourada. Durante o período de 1997 a 2004, ele vestiu a camisa do clube alviverde em 223 ocasiões e conquistou seis títulos estaduais, além da Série B em 1999.
Seu desempenho impressionante pelo time do Centro-Oeste chamou a atenção do treinador Emerson Leão, que na época comandava o São Paulo, levando-o para o Tricolor do Morumbi. Lá, Josué escreveu mais um capítulo glorioso de sua carreira, formando uma dupla lendária com Mineiro e sendo uma peça fundamental na equipe que venceu a Libertadores e o Mundial de Clubes em 2005.
Além disso, ele contribuiu para a conquista do Brasileirão em 2006 e participou da campanha do bicampeonato em 2007, antes de ser transferido para o Wolfsburg, na Alemanha, em julho de 2007, por 1,46 milhões de euros. No Wolfsburg, Josué se tornou um ícone, liderando a equipe que venceu a Bundesliga na temporada 2008/09, ao lado de renomados jogadores como Grafite, Edwin Dzeko e Benaglio.
Josué brilhou pelo Atlético-MG
Em 2013, ele deixou a Alemanha para se juntar ao Atlético-MG ao fim de seu contrato. No Galo, ele fez parte da equipe campeã da Libertadores, sendo um dos pilares junto com Pierre. Um detalhe interessante é que, apesar de muitos lembrarem da dupla de volantes do time como Donizete e Pierre, Josué atuou como titular em grande parte da competição, incluindo a final, devido às lesões do camisa oito.
Pelo Atlético, ele também conquistou a Copa do Brasil e a Recopa Sul-Americana em 2014, bem como os Campeonatos Mineiros de 2013 e 2015. Sua carreira chegou ao fim no final de 2015, com seu último jogo sendo uma derrota por 4×1 para o Sport na Ilha do Retiro, pelo Brasileirão.
Além de seu sucesso nos clubes, Josué também teve um brilhante desempenho pela Seleção Brasileira, com destaques para a conquista da Copa América em 2007 e sua participação na Copa do Mundo de 2010, na África do Sul.