Poucos jogadores tiveram uma carreira tão vitoriosa e defendendo tão poucos clubes como o volante Josué. Revelado pelo Goiás, ele deu o seus primeiros passos no futebol pelo Esmeraldino e fez história no Serra Dourada. Entre 1997 e 2004 ele fez 223 jogos com a camisa do clube alviverde e conquistou seis títulos estaduais além da Série B em 1999.
O bom desempenho pelo time do Centro Oeste fez com que o técnico Emerson Leão, então comandante do São Paulo, pedisse a sua contratação. Pelo Tricolor do Morumbi mais uma vez o volante fez história, formando uma lendária dupla com Mineiro, sendo um dos pilares do time campeão da Libertadores e do Mundial de Clubes em 2005.
Ele também fez parte da equipe que conquistou o Brasileirão em 2006 e participou de parte da campanha do bicampeonato em 2007, mas foi negociado em julho com o Wolfsbrug, da Alemanha por 1, 46 milhões de euros.
Pelo time alemão Josué se tornou um grande ídolo, sendo capitão da equipe que venceria a Bundesliga na temporada de 2008/09. Aquela equipe contava com grandes nomes do futebol mundial como os atacantes Grafite e Edwin Dzeko, além do goleiro Benaglio.
O volante ficou na Alemanha até 2013, quando se transferiu para o Atlético-MG ao fim de seu contrato. Pelo Galo fez parte do elenco campeão da Libertadores, sendo um dos pilares da equipe ao lado de Pierre. Um fato curioso é que embora muitos lembrem da dupla de volantes do alvinegro naquele ano ser formada por Donizete e Pierre, Josué jogou boa parte da competição (incluindo a final) como titular por causa de lesões do camisa oito.
Pelo Atlético ele também conquistou a Copa do Brasil e a Recopa Sul-Americana em 2014. Além de ter vencido os Campeonatos Mineiros de 2013 e 2015. No fim de 2015 ele pendurou as suas chuteiras, seu último jogo foi na derrota por 4×1 para o Sport na Ilha do Retiro pelo Brasileirão daquele ano.
Josué também brilhou pela Seleção Brasileira
Além de uma carreira brilhante e vitoriosa por todos os clubes que passou, Josué também brilhou com a camisa da Seleção Brasileira, tendo vencido a Copa América em 2007. Ele também fez parte do elenco que disputou a Copa do Mundo de 2010 na África do Sul.